už nějakou dobu programuju svojí

Fíha, mohl bys poskytnout bližší info? V jakým formátu máš mapový podklady, v jakým formátu máš svoje "body" a jakým způsobem to vkresluješ?

Já se v těchle věcech vůbec nevyznám a nic o tom nevím, ale... Pokud by se daly tvoje body jednoduchým způsobem vyjádřit jako [x, y] - a to myslím, že půjde dobře - pak by se snad nad čistou mapou dala udělat SVG vrstva, do které by se buď zobrazily body nebo spojnice mezi těmito body.

SVG bude určitě míň nenáročný na vykreslení a navíc, když se použije path, chová se to jako jeden DOM element, i když je tam třeba tisíc bodů.