Spolupracovat určitě může. A rozsah spolupráce, spíše to, co je ze spolupráce vyjmuto, bude popsáno právě v podmínkách licence. Pokud by jim třeba dodávali folii na hologramy, která sama o sobě ochranným prvkem není, není problém. Raznice pro hologram jízdenky (ceniny) už ochranný prvek je stejně jako třeba hlubotiskový štoček pro tisk (možná už se to teď dělá jinak) určitých ochranných prvků bankovky. To prostě firma/organizace bez licence dělat nemůže.
Tedy - ona si může hrát s hologramy, s technologií (používá se třeba na obalech "lepších" knížek), ale nemůže dodávat matrici (raznici) pro konkrétní ochranné prvky - fIrma/organizace bez licence vůbec nemůže mít přístup k datům ochranného prvku.

Dokážu si představit ještě situaci, kdy si CNC (zařízení) na ČVUT firma s licencí pronajme, ale je to dost na hraně. Museli by zajistit ochranný režim výroby. V žádném případě by se kolem toho nesměli plancant lidi z ČVUT.

edit: Licencí rozumím povolení MF, nebo MV (už si nejsem jistý, které ministerstvo to má v referátu).